1977年至1978年盧修一任中國文化大學政治學系副教授,並兼任夜間部-行政管理學系主任。1979年9月,再赴巴黎繳博士論文,於1980年12月口試通過,取得巴黎大學政治學博士。回國後,任職中國文化大學。盧修一於巴黎大學進修時,得法国社會科學高等研究院(EHESS)名教授──戴高樂時期的纪业马將軍(M.General Jacques Guillermaz)所指導,選擇「日本統治時期的台灣共產黨」做為博士論文的專題。這篇論文在學術界傳說為盧被捕的導火線,海內外許多人認為盧因論文之故受有關當局注意已久。此博士論文於1989年由盧修一自行由法文翻譯為中文後,交由前衛出版社於1990年進行出版《日據時代台灣共產黨史:1928-1932》,2006年再版;根據此書自序指出,其博士論文於盧修一坐牢期間,調查局亦曾找人進行翻譯,並於1986年付梓,但調查局翻譯版錯誤甚多且扭曲原意。