| 行政院公平交易委员会主任委员 | 汤金全（2007年2月1日－2009年7月31日；任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
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| 行政院公共工程委员会主任委员 | 范良锈（2008年5月20日－2011年3月31日，政务委员兼任） |
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| 行政院消费者保护委员会主任委员 | 邱正雄（2008年5月20日－2009年9月10日，行政院副院长兼任） |
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| 中央选举委员会主任委员 | 张政雄（2004年6月16日－2009年11月3日；任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
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| 行政院飞航安全委员会主任委员 | 吴静雄（2005年8月12日－2010年5月24日） |
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| 北美事务协调委员会主任委员 | 朱文祥代理（2008年2月20日－2009年5月12日） → 邵玉铭 （2009年5月13日－2012年5月20日） |
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| 国家通讯传播委员会主任委员 | 彭芸（2008年8月1日－2010年8月10日；任期制的独立机关，不受内阁改组影响） |
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| 行政院新闻局局长兼行政院发言人 | 史亚平（2008年5月20日－2008年12月31日） → 苏俊宾（2008年12月31日－2010年2月24日） |
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| 行政院主计处主计长 | 石素梅（2008年5月20日－2016年5月20日） |
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| 行政院人事行政局局长 | 陈清秀（2008年5月20日－2009年9月10日） |
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| 中央银行总裁 | 彭淮南（1998年2月25日－2018年2月25日 ；任期制部会机关，不受内阁改组影响） |
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| 台湾省政府主席 | 蔡勋雄（2008年5月20日－2009年9月10日，政务委员兼任） |
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| 福建省政府主席 | 薛香川（2008年5月20日－2009年9月10日，行政院秘书长兼任） |
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| 行政院中部联合服务中心主任 | 蔡勋雄（2008年5月20日－2010年2月24日，政务委员兼任） |
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| 行政院南部联合服务中心主任 | 蔡勋雄（2008年5月20日－2010年2月24日，政务委员兼任） |
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| 行政院东部联合服务中心主任 | 蔡勋雄（2008年5月20日－2010年2月24日，政务委员兼任） |
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| 国立故宫博物院院长 | 周功鑫（2008年5月20日－2012年7月29日） |
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