斯科普里城市博物馆（马其顿语：Музеј на град Скопје）是北马其顿共和国首都斯科普里的一座博物馆。
斯科普里城市博物馆位于一座旧火车站的建筑内，1949年由前南斯拉夫政府建立，1963年，因斯科普里发生地震，部分馆舍被毁，后在1965年重建。博物馆主要展示有关斯科普里历史的藏品，展示斯科普里自公元前3000年至今的历史。
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41°59′27″N 21°25′46″E / 41.99083°N 21.42944°E / 41.99083; 21.42944